V r. 42 p.n.l. bol Karpathos dobytý Rímanmi a neskôr sa stal súčasťou Byzantskej ríše. Medzi 7. a 10. storočím bol ovládaný pirátmi. Usadlíci žijúci blízko mora sa presťahovali do hôr.
Ostrov bol ďalej pod vplyvom kniežaťa Sv. Jána, Benátčanov a Turkov. V r. 1821 bol Karpathos oslobodený. V r. 1830 padol opäť pod tureckú správu. Talianmi bol dobytý v r. 1912. Od r. 1948 je súčasťou Grécka.